貴船神社は、水の神高おかみ神を御祭神とする。かつて貴船神社では、祈雨の時は黒馬、祈晴の時は白馬（又は赤馬）が献じられていた。後に生き馬から板立馬（絵馬の原型）になった事から絵馬発祥の地と言われる。水占斎庭でおみくじを水に浮かべると、文字が浮かび出る水占おみくじがあり女性に人気。 貴船神社本社より貴船川に沿って上流に歩いて行くと中宮（結社）、更に歩いて行くと奥宮がある。奥宮には、貴船神社の社名の起源とも言われる舟形に石を積んだ御船形石がある。