釈迦如来と阿弥陀如来を祀る事から二尊院と呼ばれているが、正式名称は小倉山二尊教院華台寺といい天台宗に属している。 嵯峨天皇の命により円仁が創建したと伝えられる。一時期、応仁の乱で焼失したが再建された。 境内には、角倉了以が寄進した総門（伏見城の薬医門）、藤原定家が百人一首を選定した時雨亭の址などがある。小倉山からは、京都市内が見渡せる。