臨済宗大本山妙心寺は、花園上皇が離宮を禅寺とし関山慧玄を開山として迎えた。東西約500ｍ南北約619ｍ約10万坪の広大な境内には46の塔頭寺院がある。 明智光秀を弔ふ為に建てられた浴室、西側に退蔵院がある。法堂の中には、日本最古の鐘でもある妙心寺鐘、天井には八方睨みの龍が描かれている。 宿坊でもある大心院、史跡名勝桂春庭園、佐久間象山の墓がある大法院（春と秋にだけ特別公開）などが点在する。